Do podstawowych zadań Kancelarii należy:
1)właściwe rejestrowanie i przechowywanie dokumentów zawierających informacje niejawne oznaczone klauzulą „poufne” lub stanowiących tajemnicę państwową;
2)bezpośredni nadzór nad obiegiem dokumentów, o których mowa w ust. 1;
3)udostępnianie lub wydawanie dokumentów osobom posiadającym odpowiednie poświadczenie bezpieczeństwa;
4)egzekwowanie zwrotu dokumentów, o których mowa w ust. 1;
5)kontrola przestrzegania właściwego postępowania z udostępnionymi pracownikom Starostwa dokumentami, o których mowa w ust. 1, w tym właściwego ich oznaczania i rejestrowania;
6)inicjowanie niezbędnych zmian w organizacji i zabezpieczeniu pomieszczeń Kancelarii Tajnej;
7)wykonywanie poleceń Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych;
8)realizacja innych zadań kancelarii tajnych określonych w przepisach o ochronie informacji niejawnych.